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1) Órgão com poderes para deliberar sobre os negócios da instituição. Possui competência para alterar o capital social e o Estatuto da empresa, bem como para eleger seus conselheiros. É composta pela União, única acionista do HCPA.
2) Órgão que visa auxiliar a União na verificação da conformidade do processo de indicação e de avaliação dos administradores e conselheiros fiscais.
3) Órgão colegiado de deliberação estratégica e controle da gestão.
4) Órgão permanente de fiscalização, de atuação colegiada e individual.
5) Canal de comunicação que representa o usuário na instituição.
6) Órgão de controle interno, que auxilia o governo federal e o Conselho de Administração (CA) no controle da gestão, visando à melhoria dos processos de controles internos, qualidade e segurança das informações e ativos, além de opinar sobre questões contábeis e financeiras.
7) Órgão de suporte ao CA no que se refere ao exercício de suas funções de auditoria e de fiscalização sobre a qualidade das demonstrações contábeis e a efetividade dos controles internos e das auditorias interna e independente.
8) Pessoa que dirige, supervisiona, coordena e controla as políticas e atividades de assistência, ensino, pesquisa, inovação e administração.
9) Órgão executivo de administração e representação, que assegura o funcionamento regular do HCPA, em conformidade com o CA.
10) Órgão responsável por promover o ambiente de gestão de riscos e compliance (conformidade), garantindo a manutenção de controles capazes de mitigar os riscos em níveis aceitáveis, bem como levar a cultura de integridade a toda instituição.