Órgão com poderes para deliberar sobre todos os negócios relativos ao objeto da instituição. Possui competência para alterar o capital social e o Estatuto da empresa, bem como para eleger seus conselheiros a qualquer tempo. É composta pela União, única acionista do HCPA.

 Órgão que visa auxiliar a União na verificação da conformidade do processo de indicação e de avaliação dos administradores e conselheiros fiscais. 

Órgão permanente de fiscalização, de atuação colegiada e individual.

Órgão colegiado de deliberação estratégica e controle da gestão. 

Órgão de controle interno, que auxilia o Poder Executivo e o Conselho de Administração no controle da gestão, visando à melhoria dos processos de controle internos, da qualidade e segurança das informações e dos ativos, além de opinar sobre questões contábeis e financeiras. 

Canal de comunicação que representa o usuário na instituição. 

 Órgão de suporte ao Conselho de Administração no que se refere ao exercício de suas funções de auditoria e de fiscalização sobre a qualidade das demonstrações contábeis e a efetividade dos controles internos e das auditorias interna e independente. 

Dirige, supervisiona, coordena e controla as atividades e as políticas de assistência, ensino, pesquisa e administração. 

Órgãos executivos de administração e representação, que asseguram o funcionamento regular do HCPA, em conformidade com o Conselho de Administração. 

Órgão responsável por promover o ambiente de gestão de riscos e compliance, garantindo a manutenção de controles capazes de mitigar os riscos em níveis aceitáveis, bem como levar a cultura de integridade a toda instituição.